喝加氟的自來水蛀牙病患比率高
瓶裝水幾乎都不含氟化物──這也是它的賣點之一。但是，部分牙醫師指出，只喝瓶裝水的兒童比較容易蛀牙。因此，少數幾家瓶裝水業者在水中加氟，以兒童為銷售對象。全美約七成的民眾喝加氟的自來水，但歐洲國家的自來水都不加氟，美國的蛀牙病患比率遠高於歐洲。有些人認為，加氟產生的氟化物有害人體健康。事實上，自來水中的氟含量遠低於危害人體的程度。美國牙醫學會（American Dental Association）固然呼籲兩歲以上的民眾都使用氟，但提醒我們經由牙膏及漱口水使用。
瓶裝水和自來水的另一個不同點為，環保署要求自來水必須消毒，並檢驗其中的消毒劑副產品和微生物含量。而礦泉水取自地下，食品及藥物管理局認為不可能含有消毒劑副產品和微生物，因此無須檢驗；瓶裝淨化水和蒸餾水取自檢驗合格的自來水，也無須檢驗。事實上，淨化水工廠雖然擁有先進過濾設備，未必妥適保養。骯髒的濾水器會污染水，而不是淨化水。
瓶裝水工廠約五至十年才接受一次抽檢
自來水公司每年檢驗水質數千次，並向州政府和聯邦政府主管單位報告檢驗結果。瓶裝水工廠也自行檢驗（雀巢公司每天檢驗一百次；全美最大的蒸餾水送貨到府DS水公司一天檢驗四次），並偶爾接受食品藥物管理局的抽驗。
食品藥物管理局認為，各個瓶裝水工廠的自我控管相當良好，不必經常抽檢。而且抽檢的時候，只檢驗特定項目，而不是全盤檢驗。房屋能源及商業委員會（House Energy and Commerce Committee）於二○○七年的一份報告中指出：「食品及藥物管理局沒有訂定制式化的抽驗程序，沒有檢查工廠的自我檢驗報告，也沒有檢查品質控管的情形」。前食品藥物管理局助理局長威廉•哈柏德（William K. Hubbard）指出，瓶裝水工廠約五至十年才接受一次抽檢。
長期飲用瓶裝水可能會讓身體變糟
還有，如果瓶裝水工廠的產品只在該州販售，不受食品藥物管理局法規的規範。國際瓶裝水協會（International Bottled Water Association）總裁約瑟夫•多斯（Joseph Doss）指出：「但是幾乎沒有符合這個條件的工廠，因為水、瓶子、瓶蓋、標籤都必須生產自同一州」。如果真有符合這個條件的工廠，雖不受食品及藥物管理局法規的規範，也必須受該州瓶裝水法規的規範。但是，美國每五個州就有一個州沒有訂定瓶裝水相關規範，而且各州內容差異極大。
幸好，國際瓶裝水協會每年都對會員的產品進行檢驗，而且檢驗標準嚴苛。譬如，國際瓶裝水協會的大腸桿菌容許值為零，食品藥物管理局則訂有容許值。不幸的是，並非每個瓶裝水業者都是國際瓶裝水協會的會員（雀巢為會員，百事可樂和可口可樂並非會員），而且該協會的規範沒有法律強制性，消費者也無從得知檢驗結果。
因為喝自來水引發疾病的案例，通常人數眾多而且集中某區域，因此容易引起大眾注意。相對地，喝瓶裝水引起疾病的案例則人數少而且分散（美國約有百次回收瓶裝水的紀錄。非洲、亞洲、歐洲則有眾多喝瓶裝水致病的案例）。美國或許真的沒有喝瓶裝水致病的案例，又或許有案例但沒有通報。產品發生問題進行回收的時候，消息總是很晚才曝光。
有問題的瓶裝水並非一定讓人拉肚子或感染腸胃炎。但就長期而言，狀況可能更糟。二○○六年，暢銷西紐約州的某瓶裝泉水被驗出含有二五ppb致癌溴酸鹽（環保署的容許值為一○ppb）。業者立刻進行全面回收。溴化鹽是消毒用溴與臭氧結合的副產品，飲用溴酸鹽超過容許值的水一個月，身體即出現異狀。
